W skład struktury organizacyjnej SKOGSR wchodzą następujące komórki organizacyjne:
1. Biura struktury Sztabu SKOGSR:
Sekretariat Biura Sztabu SKOGSR - SPZ
Gabinet Marszałka - GM
Gabinet Przewodniczącego Sztabu
Biuro Dyrektora Zarządzającego Biura Sztabu - BDG
Biuro Admistracyjno - Budżetowe - BAB
Biuro Kadr i Szkolenia - BKS
Biuro Kontroli Wewnętrznej i Audytu Wewnętrznego - BKW
Biuro Ochrony Sztabu - BOS
Biuro Prawne - BP
2. Wydziały (w skrócie określane: WBS): (19 wydziałów)
Wydział Analiz i Prognoz Ekonomicznych - WEK
Wydział placówek Akademickich Biur Karier - WBK
Wydział Klubów Obrony Lokalnej - WOL
Wydział Lokalnych Grup Działania - WGD
Wydział Funduszy Europejskich - WEF
Wydział Edukacji i Pracy - WEP
Wydział Informatyki - WIT;
Wydział Innowacyjności - WIN
Wydział Budownictwa Mieszkaniowego (Nasze Domy) - WND
Wydział lokalnych punktów informacji handlowej - WIH
Wydział Inwestycji (konkurs:Dotacja Zwrotna) - WDZ;
Wydział Inwestycji bezpośrednich (zagranicznych) - WIZ
Wydział Promocji Eksportu - WPE
Wydział Współpracy Międzynarodowej - WWM
Wydział Partnerstwa Społecznego - WPS
Wydział Rynku Pracy - WRP;
Wydział Ochrony (Komitetu) SKOGSR - WOK;
Wydział Turystyki Edukacyjnej - WTE;
Wydział Samodzielnych Stanowisk Pracy - WSP
Wydział Biur lokalnych Gminnych Stref Rozwoju - WLS
3. Biura lokalnych gminnych Stref Rozwoju - BSR
a) Naczelnik lokalnej GSR.
b) Kierownik Biura lokalnej GSR.